住房公积金贷款还款会不会二次扣款需要分为以下几种情况：
1、如果贷款银行在第一次进行扣款时扣款成功了，那么就不会第二次进行扣款了;
2、如果贷款银行在第一次进行扣款时扣款失败了，那么就会第二次进行扣款。如果借款人办理了公积金对冲业务，那么贷款银行会首先从公积金账户中扣除余额，如果公积金账户的余额不足以偿还贷款本息，那么贷款银行会再会从绑定的银行卡中扣除还款本息。
虽然公积金贷款还款是会自动扣款，但借贷人要提前了解账户是否有足够的余额，同时需要注意的是，借贷人在还款日当天一定要确定是否扣款成功，避免出现扣款不成功，造成逾期的情况。