员工发一部分工资,何时补全既合法又不影响公司运营

当月发放上月工资是可以的，跨月就违法。如果公司拖欠工资，劳动者可以到劳动监察大队投诉，由劳动监察大队责令用人单位限期发放工资，逾期不支付的，还要加付赔偿金。