劳动合同约定劳动者半年内离职扣工资，是不合法的。
劳动合同约定劳动者半年内离职扣工资，本质上属违约金条款。
一、签劳动合同违约怎么办员工在违约时有什么
我国《劳动合同法》规定：
1、劳动者违反服务期约定的，应当按照约定向用人单位支付违约金。违约金的数额不得超过用人单位提供的培训费用。用人单位要求劳动者支付的违约金不得超过服务期尚未履行部分所应分摊的培训费用。
2、对负有保密义务的劳动者，用人单位可以在劳动合同或者保密协议中与劳动者约定竞业条款，并约定在解除或者终止劳动合同后，在竞业期限内按月给予劳动者经济补偿。劳动者违反竞业约定的，应当按照约定向用人单位支付违约金。
二、就业协议约定违约责任是否有效
就业协议约定违约责任的，是有效的。首先用人单位为劳动者提供专项培训费用，对其进行专业技术培训的，可以与该劳动者订立协议，约定服务期，然后劳动者违反服务期约定的，应当按照约定向用人单位支付违约金。其次用人单位与劳动者可以在劳动合同中约定保守用人单位的商业秘密和与知识产权相关的保密事项，对负有保密义务的劳动者，用人单位可以在劳动合同或者保密协议中与劳动者约定竞业条款，并约定在解除或者终止劳动合同后，在竞业期限内按月给予劳动者经济补偿，劳动者违反竞业约定的，应当按照约定向用人单位支付违约金。也就是说用人单位和劳动者在就业协议中约定违约责任的，是有法律效力的，劳动者是违反约定的，用人单位可以要求劳动者承担违约责任。