在经济行政合同中，合同纠纷的解决方式主要包括以下几种：
协商解决：双方当事人可以通过友好协商的方式解决合同纠纷。在协商解决过程中，双方可以尝试找出问题的根源，并寻求达成互利共赢的解决方案。
诉讼解决：当协商无果时，当事人可以选择将合同纠纷提交给进行诉讼解决。将依法审理案件，最终做出判决。
仲裁解决：双方当事人可以约定将合同纠纷提交仲裁机构进行仲裁解决。仲裁是一种非诉讼的纠纷解决方式，通常速度较快，也较为灵活。
调解解决：在诉讼或仲裁过程中，双方也可以选择进行调解。调解是一种自愿的解决方式，调解员会协助双方找到共同利益点，达成和解。
协议解决：双方当事人也可以通过签订书面协议的方式解决合同纠纷，可以是重新协商合同条款、协商解除合同等。
在实际操作中，对于不同类型的合同纠纷，可以结合具体情况采取不同的解决方式。例如，对于较小额的合同纠纷，可以优先考虑协商解决或调解解决；而对于较为复杂的纠纷，可能需要通过诉讼或仲裁来解决。选择合适的解决方式能够更有效地解决合同纠纷，维护当事人的合法权益。