案子从被退回到机关补充侦查，一般是主要是以下原因：
1、是证据不足，不符合起诉条件。
2、是犯罪事实不清楚，需要进一步侦查。
3、是遗漏罪行或者遗漏同案犯罪嫌疑人。
《刑事诉讼法》第一百七十五条，人民审查案件，可以要求机关提供法庭审判所必需的证据材料；认为可能存在本法第五十六条规定的以非法方法收集证据情形的，可以要求其对证据收集的合法性作出说明。
人民审查案件，对于需要补充侦查的，可以退回机关补充侦查，也可以自行侦查。
对于补充侦查的案件，应当在一个月以内补充侦查完毕。补充侦查以二次为限。补充侦查完毕移送人民后，人民重新计算审查起诉期限。
对于二次补充侦查的案件，人民仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，应当作出不起诉的决定。
一、刑事案件的几个阶段
刑事诉讼主要包括五个阶段：立案、侦查、起诉、审判和执行。
1、立案指机关、人民。人民对报案、控告、举报和犯罪人的自首等方面的材料进行审查，判明是否有犯罪事实并需要追究刑事责任，依法决定是否作
为刑事案件交付侦查或审判的诉讼活动；
2、侦查指由特定的司法机关为收集、查明、证实犯罪和缉获犯罪人而依法采取的专门调查工作和有关的强制性措施；
3、起诉有两种，包括公诉和自诉；
4、审判是指人民在控、辩双方及其他诉讼参与人参加下，依照法定的权限和程序，对于依法向其提出诉讼请求的刑事案件进行审理和裁判的诉讼活动；
5、执行则指刑事执行机关为了实施已经发生法律效力的判决和裁定所确定的内容而进行的活动，在我国，刑事执行的主体主要是人民、机关和监狱等。
二、在刑事案件的作用
1、审查批准逮捕
2、提起公诉指控犯罪
其他可能还涉及接受申诉、立案监督、审判监督、抗诉等等。
刑事案件进入属于审查起诉阶段，最终结果无非两个：决定提起公诉或者决定不起诉。下面是审查起诉阶段的各个环节：
（一）讯问，必经环节。人民审查案件，应当讯问犯罪嫌疑人，听取辩护人、被害人及其诉讼代理人的意见，并记录在案。辩护人、被害人及其诉讼代理人提出书面意见的，应当附卷。
（二）审查证据材料，必经环节。人民审查案件，可以要求机关提供法庭审判所必需的证据材料；认为可能存在刑事诉讼法规定的以非法方法收集证据情形的，可以要求其对证据收集的合法性作出说明。
（三）补充侦查，非必经。分两种：退回补充侦查和自行侦查。对于补充侦查的案件，应当在一个月以内补充侦查完毕。补充侦查以二次为限。补充侦查完毕移送人民后，人民重新计算审查起诉期限。
（四）提起公诉。人民认为犯罪嫌疑人的犯罪事实已经查清，证据确实、充分，依法应当追究刑事责任的，应当作出起诉决定，按照审判管辖的规定，向人民提起公诉，并将案卷材料、证据移送人民。
（五）决定不起诉：
（1）犯罪嫌疑人没有犯罪事实，或者有本法第十五条规定的情形之一的，人民应当作出不起诉决定。
（2）对于犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或者免除刑罚的，人民可以作出不起诉决定。
（3）对于二次补充侦查的案件，人民仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，应当作出不起诉的决定。