请假工资的扣除方式如下：
1、请假属于事假时，事假期间不计入出勤，平均日薪为0；工资计算方式为基本月工资除以21.75，乘以实际工作天数；
2、事假工资扣除按基本工资计算，基本工资除以全月上班天数，乘以请假天数；
3、请假扣除标准依公司规定，计算可按实际请假工作时间（小时）乘小时工资，或按实际请假工作时间（天数）乘日工资；
4、计算方式也可为基本工资除以当月天数，乘以（当月天数减请假天数）。
请假工资的计算方法：
1、按照国家规定的请假计算；
2、根据员工的工作性质和请假类型进行核算；
3、参照公司内部的薪资管理制度确定；
4、结合员工实际出勤情况和工资构成进行扣除。
综上所述，员工请假工资的扣除方式多样，包括按事假期间不计入出勤的平均日薪计算、基本工资按全月上班天数折算、依公司规定按实际请假时间（小时或天数）计算，以及基本工资按当月天数减去请假天数的方式进行扣除。
【法律依据】：
《中华人民共和国劳动法》
第五十条
工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。
第五十一条
劳动者在法定休假日和婚丧假期间以及依法参加社会活动期间，用人单位应当依法支付工资。