根据法律的规定，一般机关在处理行政或刑事案件时，对于需要鉴定的，费用都由机关承担。对于处理您的案件机关的行为，应当是违法的，您可以向上级机关进行举报、投诉要求其退还鉴定费用。
若已构成刑事案件，鉴定费用更应当是由机关承担，因为该为机关搜集证据的侦查程序，不应当叫犯罪嫌疑人或者受害人承担。
一、机关可以跨区域立案侦查吗？
机关一般不可以跨区域立案侦查；但机关对于本单位立案侦查的案件，可以跨区域抓捕犯罪嫌疑人(如果异地抓捕的，通常需要当地警方配合)。机关立案侦查流程：
(一)、受理案件
立案必须有一定的证明案件真实情况的事实材料为依据，即必须有一定的材料来源。
1、受理刑案的材料来源
单位或个人的报案或举报；
被害人的报案或控告；
公民扭送犯罪嫌疑人和犯罪人的自首
以及机关、人民自行发现的犯罪事实或犯罪嫌疑人等。
2、受案的一般程序
(1)、认真对待、全面接受。
(2)、对报案人员说明法律责任，防止诬告、错告
(3)、询问案件有关情况。
(4)、接受报案人、举报人、控告人、自首的犯罪嫌疑人等提交的犯罪证据材料并加以保全或做出其他应急性的处理。
(5)、制作笔录或录音。
(6)、填写《接受刑事案件登记表》。
(二)、初查
简单地说就是侦查机关对所接受的案件材料的初步审查。目的：确定是否符合立案条件以及是否属于受案机关的管辖范围。
1、初查的内容
从实体上审查犯罪事实是否存在
从法律上判断，对于有犯罪嫌疑的人是否需要追究刑事责任
从程序上判断该案是否属于受案机关的管辖范围。
2、初查后对案件的处理
(1)认为有犯罪事实，应追究刑事责任，并且属于受案机关的管辖范围的，予以立案，制作呈请立案报告书。
(2)认为有犯罪事实并且应当追究刑事责任，但不属于受案机关的管辖范围的，根据《机关办理刑事案件程序规定》第159条规定，应当在24小时内，经县以上机关负责人批准，签发《移送案件通知书》，将案件移送有管辖权的机关处理。对于需要立即采取紧急措施的，应当首选采取紧急措施，然后移送有管辖权的机关。
(3)认为没有犯罪事实或依法不需要追究刑事责任的，受案机关应当制作《呈请不予立案报告书》，经县以上机关负责人批准，不予立案。根据《机关办理刑事案件程序规定》第161条规定，对于需要给予行政处理的依法予以行政处罚。
(4)对管辖有争议或者情况特殊的刑事案件，可以由共同的上级机关指定管辖。指定管辖要制作指定管辖决定书。
(三)、立案
立案，是、司法机关对于报案、控告、举报、自首等材料，依照管辖范围进行审查，判明有无犯罪事实发生和应否追究刑事责任，并决定是否作为刑事案件进行侦查或审理的诉讼活动。
现行刑事诉讼法在第二编第一章中规定了立案程序。
(四)、侦查
(1)、选择侦查途径
(2)、摸排侦查线索
(3)、确定犯罪嫌疑人
(4)、突破侦查僵局的方法
(5)、突破嫌疑对象，查获犯罪证据
(6)、审查判断证据
(五)、破案
破案是指所侦查案件的主要犯罪事实及其犯罪嫌疑人已经查证确实，依法将犯罪嫌疑人实施拘留、逮捕或采取其他强制措施，将犯罪嫌疑人拘捕归案的活动。可以在犯罪嫌疑人人身自由的条件下，进一步查清其全部犯罪事实。
(六)、侦查终结
侦查终结是机关、人民、机关、保卫部门和监狱等有权侦查的机关，对自己立案侦查的案件，经过侦查，根据已查明的事实和证据，依照法律规定对案件和犯罪嫌疑人做出处理的一种诉讼活动。
二、交通事故伤残怎么鉴定
交通事故伤残可由机关交通管理部门自事故现场调查结束之日起三日内委托有资质的鉴定机构进行鉴定，并承担鉴定费用当事人联系鉴定机构进行鉴定。根据《道路交通事故处理程序规定》的规定，机关交通管理部门应当自事故现场调查结束之日起三日内，委托有资质的鉴定机构进行检查鉴定。现场调查结束后三天内需要检查鉴定的，应当报上级机关交通管理部门批准。检验鉴定费用由机关交通管理部门承担，但法律法规另有规定或者当事人自行委托残疾评估、财产损失评估的除外。
【本文关联的相关法律依据】
《机关办理行政案件程序规定》第九十七条办案人民应当对鉴定意见进行审查。
对经审查作为证据使用的鉴定意见，机关应当在收到鉴定意见之日起五日内将鉴定意见复印件送达违法嫌疑人和被侵害人。
医疗机构出具的诊断证明作为机关认定人身伤害程度的依据的，应当将诊断证明结论书面告知违法嫌疑人和被侵害人。
违法嫌疑人或者被侵害人对鉴定意见有异议的，可以在收到鉴定意见复印件之日起三日内提出重新鉴定的申请，经县级以上机关批准后，进行重新鉴定。同一行政案件的同一事项重新鉴定以一次为限。
当事人是否申请重新鉴定，不影响案件的正常办理。
机关认为必要时，也可以直接决定重新鉴定。