法律分析：绩效工资可以申请劳动仲裁，绩效工资是企业工资项目中的一个，属于工资的一部分。用人单位应当按照劳动合同约定或者国家规定，向劳动者即使足额支付劳动报酬。用人单位拖欠劳动报酬的，可以申请劳动仲裁。单位扣员工绩效工资可以仲裁。单位扣员工绩效工资处理方式如下： 1、劳动者首先应该与所在公司协商处理； 2、如果是协商不成的话，劳动者可以到当地的劳动监察大队投诉，要求协助处理解决； 3、如果当地的劳动监察局投诉无果、仍未解决的，劳动者可以当地劳动局递交申请，请求劳动仲裁机构来出面处理解决，要求公司支付工资。
法律依据：《中华人民共和国劳动合同法》 第三十条 用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。用人单位拖欠或者未足额支付劳动报酬的，劳动者可以依法向当地人民申请支付令，人民应当依法发出支付令。