合作医疗交重复可以退。具体退款流程如下：
1、打开12366纳税服务应用；
2、点击右上角的登录选项，登录成功后，选择自己的所在城市；
3、再点击咨询选项；
4、选择在线咨询进入；
5、根据提示信息点击确定按钮；
6、接通在线客服后，对客服进行询问；
7、根据客服所回复的信息，准备相关资料去办税大厅办理退费即可。
可以办理社保费退费的情况：
1、社会保险经办机构工作人员误核定的退费；
2、社会保险征收机构或银行错征错扣的退费；
3、企业改制关闭破产预缴费单位扣费完毕后的余额的退费；
4、参保人员提前预缴纳了办理退休手续后内的社会保险费的退费；
5、失业人员领取失业金期间自行缴纳医疗保险费的退费。
【法律依据】：
《中华人民共和国社会保险法》第二十四条
国家建立和完善新型农村合作医疗制度。
新型农村合作医疗的管理办法，由规定。
第二十六条
职工基本医疗保险、新型农村合作医疗和城镇居民基本医疗保险的待遇标准按照国家规定执行。