如果由于对方的违约造成公司发生损失，应当将收取的合同违约金先扣减损失金额，有余额的，计入营业外收入。如果对方的违约未造成公司发生损失，则收取的违约金全额计入营业外收入。另外计入销售收入是要按销售行为缴纳相应的营业税或的，计入营业外收入就只交所得税即可
一、应纳税所得额要扣除吗
企业所得税应纳税所得额，准许扣除的有消费税、营业税（已停征）以及各种附加税费，但不包括。为价外税，在原材料（商品）购进、销售环节，原材料成本、销售商品价格等，本身不包括。
进项税允许税前扣除的情况
购进商品取得进项税额依法不得抵扣的，应作为企业当期的成本、费用，并可在税前扣除。允许抵扣的进项税额情形有：小规模般纳税人，采购商品中的进项税不得抵扣的情况下，计入商品采购成本，可以在税前扣除；一般纳税人，采购商品没有用于应税业务中，进项税不得在前抵扣，进项税计入采购成本，从而导致进项税可以在企业所得税前扣除。不能抵扣的进项税可计入货物成本，部分货物因超过规定期限没能及时抵扣的进项税额，可以计入货物成本，在企业所得税申报时不用进行纳税调整。不得抵扣的进项税虽然没有进行抵扣，但是属于企业实际发生的与取得收入有关的、合理的支出，另外，还属于“允许抵扣的”以外的不能抵扣的税金，是企业在生产经营过程是发生的税金支出，应该同购入的材料一同记入成本，在结转收入时同比结转成本并在企业所得税前进行扣除。纳税人的各种存货应以取得时的实际成本计价。纳税人外购存货的实际成本包括购货价格、购货费用和税金。计入存货成本的税金是指购买、自制或委托加工存货发生的消费税、关税、资源税和不能从销项税额中抵扣的进项税额”之规定，企业因购进商品取得进项税额，该进项税额依法不得抵扣的，则应依法作为企业当期的成本、费用，并可在税前扣除。
二、其他赔偿款如何缴税？
1、国家赔偿的纳税规定。国家赔偿是国家机关和国家工作人员因违法行使职权侵犯公民、法人和其他组织的合法权益造成损害的而按照《国家赔偿法》有关规定给予的赔偿。国家赔偿又分为行政赔偿和刑事赔偿，国家对当事人的损失赔偿仅限于直接损失。《国家赔偿法》第三十四条规：对赔偿请求人取得的赔偿金不予征税。
2、民事赔偿的纳税规定。合同违约赔偿是民事赔偿的主要形式。在赔偿的范围上，不仅包括直接损失，同时还包括当事人的间接损失。《关于营业税若干问题的通知》(财税[2003]16号)规定：单位和个人提供应税劳务、转让无形资产和销售不动产时，因受让方违约而从受让方取得的赔偿金收入，应并人营业额中征收营业税。
《暂行条例实施细则》规定，对纳税人发生的销售货物、提供劳务，因购买方违约支付的违约金一同并入销售额中依法征收。至于购销过程中因销售方违约而支付给购买方的违约金，因购买方不存在销售行为，当然无须缴纳销项税额；而且违约金并非销售方给予购买方的价格折扣，并不影响购销业务标的物的价款、数量等，因此也无须做进项税额转出。流转税是基于纳税人销售货物、提供应税劳务、有偿提供营业税应税劳务、转让无形资产和销售不动产而征收的。
将价外费用纳入征税范围，目的在于防止纳税人通过加大价外费用而缩小正常收入，从而缩小流转税税基。所以税法规定，对当事人因销售货物、提供应税劳务、提供营业税应税劳务、转让无形资产或销售不动产而取得的损失赔偿，应按规定并入收入额中依法计算征收流转税。但违约金计入应税收入的前提是履行了合同交易，对于未实际履行合同交易而取得违约金收入，因并不存在应税行为，由此取得的违约金收入当然无须计人收入额中计算流转税。
3、保险赔偿的纳税规定。保险赔偿是被保险人根据与保险人所签订的合同，对在保险责任范围内所遭受损失的赔付。《个人所得税法》规定，对个人取得的保险赔款免征个人所得税。但因为企业所得税纳税人参加财产保险、运输保险等各种保险费用，经主管税务机关审查核实，可以在所得税前扣除，所以，对企业所得税纳税人因遭受自然灾害或者发生意外事故而由保险公司给予赔偿的部分不得税前扣除。
三、工程违约金交税可以开吗
工程违约金交税可以开，取得的违约金收入应计入收入总额，计征企业所得税。因为不同的合同涉及的流转税不同，商品销售合同涉及的是，而劳务提供的合同涉及的是营业税。因此违约方不同，纳税义务也不同。
【本文关联的相关法律依据】
《中华人民共和国民法典》第五百八十五条当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金，也可以约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。约定的违约金低于造成的损失的，人民或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以增加；约定的违约金过分高于造成的损失的，人民或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以适当减少。当事人就迟延履行约定违约金的，违约方支付违约金后，还应当履行债务。