自建房协议在意思表示真实的情形下订立、符合法定生效要件的是具有法律效力的。
法律规定未依法登记领取权属证书的农村房屋不得转让，这是对农村房屋交易过程中为维护交易安全而制定的一种原则意义上的管理性规定，旨在规范房屋交易中的行政管理，而非禁止交易关系。
因此违反上述规定并不必然导致交易行为及缔约合同的无效。
【本文关联的相关法律依据】
《民法典》第一百四十三条，具备下列条件的民事法律行为有效：
（一）行为人具有相应的民事行为能力；
（二）意思表示真实；
（三）不违反法律、行规的强制性规定，不违背公序良俗。
《城市房地产管理法》第三十，下列房地产，不得转让：
（一）以出让方式取得土地使用权的，不符合本法第三十九条规定的条件的；
（二）司法机关和行政机关依法裁定、决定查封或者以其他形式房地产权利的；
（三）依法收回土地使用权的；
（四）共有房地产，未经其他共有人书面同意的；
（五）权属有争议的；
（六）未依法登记领取权属证书的；
（七）法律、行规规定禁止转让的其他情形。