自然人独资有限责任公司纳税方式：
1、个人独资企业只需要缴纳个人所得税；
2、个人独资企业还要根据的经营业务来征税：如果是属于销售生产货物或者度修理修配劳务，要交（国税交），税率是4%（工业）或6%（商业）；如果是属于其他的服务业要交营业税（地税），税率根据行业知不同从3%到5%，个别行业向网吧是20%；
3、此外，还有一些附加税种：城建道税教育费附加是和营业税的附专加，只要交了和营业税，还要根据一定比例交城建税和教育费附加；
4、地税还征收一些小税种：印花税、房产税等；
5、大部分税都不是针对利润征收的，所以和是属否赔钱没关系，照样征税。
征税对象有以下几点：
1、法定对象，个人所得税的纳税义务人是在中国境内居住有所得的人，以及不在中国境内居住而从中国境内取得所得的个人；
2、居民纳税义务人，在中国境内有住所，或者无住所而在境内居住满一年的个人，居民纳税义务人，应当承担无限纳税义务，即就其在中国境内和境外取得的所得，缴纳个人所得税；
3、非居民纳税义务人，在中国境内无住所又不居住或者无住所而在境内居住不满一年的个人，非居民纳税义务人，承担有限纳税义务，仅就其从中国境内取得的所得，缴纳个人所得税。
综上所述，有限公司自然人独资需要缴纳的税包括：、个人所得税、印花税、教育税附加、地方教育附加、城市维护建设税等。
【法律依据】：
《个人所税法》第二条
下列各项个人所得，应当缴纳个人所得税：
（一）工资、薪金所得；
（二）劳务报酬所得；
（三）稿酬所得；
（四）特许权使用费所得；
（五）经营所得；
（六）利息、股息、红利所得；
（七）财产租赁所得；
（八）财产转让所得；
（九）偶然所得。
居民个人取得前款第一项至第四项所得（以下称综合所得），按纳税年度合并计算个人所得税；非居民个人取得前款第一项至第四项所得，按月或者按次分项计算个人所得税。纳税人取得前款第五项至第九项所得，依照本法规定分别计算个人所得税。