审计单位与业主一般是按结算造价的比例支付审计费用，这个系数根据项目不同系数也不同，可以是2％或3％，另外超出审核造价后5％部分按5％的审计费由施工方支付。
一、工程审计类型有哪些
工程审计包括两大类型：工程造价审计和竣工财务决算审计。
造价审计一般是对单项、单位工程的造价进行审核，其审计过程与乙方的决算编制过程基本相同，即按照工程量套定额。这由造价工程师完成。
对于建设单位来说，由于造价审计只是审核单项、单位工程的合同造价，一个建设项目的总的支出是由很多单项、单位工程组成的，而且还有很多支出比如前期开发费用、工程管理杂费等是不需要造价审计的，所以还要有一个竣工财务决算审计，就是将造价工程师审定的，和未经造价工程师审核的所有支出加在一起，审查其是否有不合理支出，是否有挤占建设成本和计划外建设项目的现象等，来确定一个建设项目的总的造价。这由注册会计师完成。
有性投资的建设项目，一律要进行工程审计。即所有行政、事业单位的建设项目都要经过造价审计和财务决算审计。非性投资的建设项目，规模较大而且涉及的利害关系人较多的，必须进行工程造价审计，比如房开企业开发的房地产。企业建造自用的建设项目由企业决定是否审计。但不管什么建设项目，必须具备一定的规模才需要审计，比如你为机关搭建一个简易车棚，造价1000元，这就不需要审计。
相关法律规定：
《审计法》
第二条：国家实行审计监督制度。和县级以上地方设立审计机关。
各部门和地方各级及其各部门的财政收支，国有的金融机构和企业事业组织的财务收支，以及其他依照本法规定应当接受审计的财政收支、财务收支，依照本法规定接受审计监督。
审计机关对前款所列财政收支或者财务收支的真实、合法和效益，依法进行审计监督。